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La escena inicia con una vista nocturna de la luna llena y varios dirigibles sobrevolando Gotham City. Luego se muestran las siluetas oscuras de varios ninjas que surgen desde las sombras y se dirigen hacia Powers Industrial (Industrias Powers). La escena cambia entonces al interior de ese edificio.
- Barbara Gordon: Gracias por enseñarme todo. Esto me va a garantizar un sobresaliente en mi trabajo.
- De nada, Srta. Gordon, nos gusta mucho enseñar nuestro.
- Barbara: Ya me lo imagino. Si el generador es tan potente y tan limpio como dicen, va a cambiar el... (percibe algo extraño)
Las luces del complejo se apagan de pronto.
- ¿Uh?
Barbara evita ágilmente que unos shurikens lanzados desde lejos maten a uno de los científicos cerca de ella. Los ninjas infiltrados emergen de las sombras. Algunos de ellos lanzan shurikens contra los científicos del lugar.
- Barbara: ¡Al suelo!
Barbara derriba rápidamente a tres científicos para evitar que los maten los shurikens lanzados. Los ninjas descienden y esgrimen sus armas para atacar a Barbara, pero una figura ensombrecida con una banda purpura lanza una bomba de humo. A continuación, los ninjas combaten contra los individuos ocultos por el humo, con uno que tiene una bandana roja, otro que tiene una bandana naranja, él que tenia una bandana purpura y uno más que tenia bandada azul. El humo se disipa finalmente, pero ya no queda ninguno de los intrusos y el generador de Powers Industrial también ha desaparecido.
- Barbara: Y entonces se fueron. Ocurrió todo tan deprisa. (hablando con alguien más)
La escena cambia a la azotea de un rascacielos de Gotham City.
- Barbara Gordon/Batgirl: No tuve tiempo ni de, convertirme en, convertirme en Batgirl. Esas cosas eran como hombres lagarto o algo así. Se llevaron el generador y en malas manos podría volar una manzana. Hay que detenerlos Batman.
- Bruce Wayne/Batman: Sean lo que sean, se arrepentirán de haber puesto un pie en Gotham.
Inicia secuencia de créditos de apertura. Después la escena cambia al interior de la Batcueva.
- Batman: Son ninjas.
- Alfred Pennyworth: ¿Amo Bruce?
- Batman: Mira, Alfred. He repasado todas grabaciones los ataques a otros laboratorios. Su estilo de lucha se parece a estilos antiguos de ninjitsu.
- Alfred: ¿La Liga de Asesinos quizá?
- Batman: No. Me ha informado Batgirl que estos son algo nuevo. También hay metahumanos involucrados. Algún tipo de criaturas monstruosas.
- Alfred: ¿Monstruos? Como Gotham aún no tiene suficientes... (sarcasmo)
La escena cambia a la ciudad, enfocando una tapa de alcantarilla en la calle, donde se escucha un reporte de noticias desde un televisor encendido en el escaparate de una tienda de electrónica.
- Reportero: Industrias Powers ha sido la nueva victima de una cadena de robos en laboratorios de investigación y desarrollo. Esta claro que la policía no tiene ninguna pista sobre quien esta detrás de esos ataques o de donde lo harán a continuación.
- Michelangelo: Nosotros sí, ¿no, Donnie?
- Donatello: Así es. Será en Industrias Wayne.
- Leonardo: Venga, no queremos que nos vean.
La escena regresa al interior de la Batcueva.
- Alfred: Por cierto, tenemos una llamada del comisario Gordon. Considera que Industrias Wayne será el siguiente blanco de esos ataques. Puede asignar diez coches patrulla para aumentar la seguridad.
- Batman: Llámale y dile que no será necesario.
- Alfred: ¿Les digo que: "No, gracias. El Sr. Wayne preferiría dejar que los ninjas monstruosos ataquen para poder darles puñetazos disfrazado de murciélago"?
- Batman: Ya se te ocurrirá algo.
La escena cambia a una azotea de un edificio.
- Penguin: Industrias Wayne. Es nuestro gran golpe, caballeros. Hay un nuevo jugador en Gotham, y nuestro invitado está robando toda la tecnología experimental que ofrece esta ciudad. Como soy un genio, se me ha ocurrido entrar en el laboratorio de Wayne y venderle la tecnología a nuestro nuevo amigo, sea quien sea. Todos en marcha, pero atentos al murciélago.
- Secuaz A: (¡AGH!)
Uno de los secuaces corpulentos de Penguin desaparece de repente atacado por una figura misteriosa.
- Penguin: ¿Qué?
- Secuaz B: (¡UAGH!)
Otro de los secuaces de Penguin desaparece de repente.
- Penguin: ¡Es él! ¡Está aquí!
La escena cambia al interior del edificio de Wayne Enterprises (Industrias Wayne).
- Iniciando prueba del sembrador de nubes de Industrias Wayne.
Varios ninjas furtivos descienden en su interior y tratan de atacar a los empleados allí presentes, pero descubren que estos eran solo hologramas proyectados.
- Batman: Su jefe les ha dado la noche libre. ¿Pero yo? Siempre trabajo hasta tarde.
Batman noquea a un Ninja Foot de una patada en la cara.
- Batman: Y ahora, ¿a quién le gustaría hablar?
La escena escena regresa a la azotea del edificio cercano a Wayne Enterprises (Industrias Wayne).
- Penguin: ¿Dónde está? ¿Dónde está? ¡Muéstrate! Es el murciélago. ¡Fuego! ¡Fuego!
- Raphael: ¿Es qué te parezco un murciélago?
- Secuaz C: ¿Qué-qué-qué-qué son? (asustado)
- Michelangelo: Somos extraterestres. Malosos extraterrestres.
- Secuaz C: (¡Uargh!) (huye aterrorizado)
- Penguin: No me importa qué son, ¡Matadlos!
- Donatello: No somos extraterestres, sino tortugas.
- Leonardo: Ahora no, Donnie.
- Donatello: Siempre es buen momento para la exactitud, Leo.
Las Tortugas Ninja continúan combatiendo a los secuaces de Penguin. Raphael esta peleando contra un secuaz corpulento. Después de que Raphael lo golpea un poco, este otro mueve su cabeza para tronar los huesos de su cuello de manera intimidante y se prepara para contraatcarlo.
- Raphael: Genial.
Raphael le propina un rodillazo en la cara a uno de los secuaces que lo noquea. Todos los secuaces de Penguin yacen derrotados.
- Michelangelo: Tío, te has quedado solo.
- Penguin: ¿Tengo que matarlos a todos yo mismo?
Penguin comienza a disparar contra las Tortugas Ninja. Las Tortugas Ninja se ponen a cubierto de los disparos detrás de un conducto de aire acondicionado ubicado en la azotea.
- Michelangelo: ¿Tiene un paraguas-pistola? ¿Una "pistolaguas"?
Michelangelo se incorpora de golpe ante el entusiasmo de esta observación suya.
- Michelangelo: ¿Pero mola más, no?
Leonardo derriba a Michelangelo de nuevo al suelo de golpe antes de que alguno de los disparos lo alcancen.
- Leonardo: Mikey, vamos a desarmarle y "luego" le alagamos.
Raphael socarrón golpea a Michelangelo con su dedo indice por su descuido. Leonardo lanza un shuriken para atascar el arma Penguin, cuya punta explota por la obstrucción lanzándolo lejos.
- Leonardo: Has perdido. ¿Dónde está Shredder?
- Penguin: ¿Shredder? ¿Quién es Shredder? Os enfrentáis al Pingüino.
Penguin hace brotar una cuchilla afilada de la punta de su paraguas y comienza un combate contra las katanas de Leonardo.
- Michelangelo: ¿Y además es una espadaguas? Creo que ese canijo me encanta.
Leonardo logra arrinconar a Penguin contra el borde de la azotea y con su katana amenazándolo a centímetros de su cuello, dejándolo a su merced.
- Penguin: A ver, como no apetece que me ensarte una monstruosidad verde y fea no me dejas otra opción.
Penguin salta del edificio sin dudar cayendo hacia una muerte segura, pero después asciende colgado de su paraguas, el cual es ahora por unas aspas-hélice surgidas de punta.
- Penguin: Hasta otra, cretinos. (Wua, wua, wua, wua, wua.)
- Michelangelo: ¡Gotham está de la olla, tíos!
La escena regresa al interior de Wayne Enterprises, donde Batman continua combatiendo a los Ninjas Foot hasta que solo queda uno de ellos consciente y después de reducirlo procede a interrogarlo.
- Batman: ¿Para qué quiere un clan ninja un sembrador de nubes experimental? ¡Dónde están los metahumanos?
- Ninja Foot: ¿Meta? ¿Te refieres a las Tortugas?
- Batman: ¿Tortugas?
De improvisto, un shuriken lanzado desde lejos se incrusta en el cráneo del Ninja Foot interrogado, matándolo. Batman voltea y ve al ninja que lo lanzó en una ventana del edificio. Mientras este otro se marchaba del edificio, Batman le dispara una cuerda metálica para detenerlo. El intruso corta esta cuerda enrollada a su brazo con las cuchillas de su armadura ninja. Entonces decide interrumpir su escape y desafiar a Batman por su osadía.
- Shredder: Te has equivocado de batalla, guerrero.
- Batman: ¿Quién eres tú y por qué estás en Gotham?
Batman y Shredder proceden a luchar arduamente. Después de intercambiar varios golpes brutales, Shredder es derribado hasta el fondo del salón donde se encuentran y Batman queda en una plataforma más elevada. Batman salta hacia Shredder para reanudar su combate, pero Shredder decide contraatacar con una misteriosa técnica que lanza con fuerza tremenda a Batman y choca contra la pared quedando fuera de combate. Shredder también parece exhausto por el esfuerzo de aplicar esa técnica.
- Shredder: Fuera de mi camino. La próxima, no seré tan misericordioso.
Shredder lanza una bomba de humo y desaparece. La escena vuelve de nuevo a la azotea cercana a Wayne Enterprises (Empresas Wayne) donde estaban las Tortugas Ninja.
- Michelangelo: Ha sido la cosa más guay que he visto en años. Creo que vosotros no estáis aprovechando este viaje. Osea, si tenemos que perseguir a Shredder desde Nueva York hasta Gotham City, al menos podremos disfrutarlo, ¿no?
- Donatello: No sé, Gotham y Nueva York son prácticamente iguales.
- Michelangelo: Donnie, ¿va en serio? ¿Nueva York tiene por ahí zeppelines volando sin motivo? A ver, ¿para qué son? Me encantan.
- Raphael: Esta ha sido una pérdida de tiempo.
- Leonardo: Vamos, ya oíste al rarito. Iban a robar en Industrias Wayne.
- Raphael: Pingüino no es el nuevo socio del Clan del Pie, lo que significa que Shredder ya habrá robado el I+D de Wayne y tendrá el cacharro, igual el generador que robó en laboratorios Powers, Leo.
- Leonardo: Dejaremos a esta peña en la calle para que los encuentre la poli.
Raphael esboza una sonrisa socarrona y lanza a los secuaces de Penguin maniatados fuera de la azotea con una patada, cayendo abajo hasta el interior de un contenedor de basura. Las Tortugas Ninja descienden para revisarlos.
- Leonardo: ¿Estás loco? Casi los matas.
- Raphael: Están bien.
- Leonardo: ¿Sabías que ahí había un contenedor?
- Raphael: Es posible. Sí.
- Donatello: Si os ayuda, que hubiera o no un contenedor, no garantiza que hubieran sobrevido...
- Raphael y Leonardo: No ayuda.
- Michelangelo: (grito fangirl)
Las tres Tortugas Ninjas restantes se acercan a donde esta Michelangelo.
- Leonardo: ¿Qué pasa? Ya puede ser... (queda impresionado) Bueno.
La escena se enfoca en el Batmobile que se encuentra estacionado cerca de ahí.
- Donatello: Es... precioso.
- Raphael: ¿Cuánto puede costar una cosa así?
- Michelangelo: Mi alma supongo, porque yo la daría.
Dos Batarangs son lanzados contra un poste cercano a donde están parados las Tortugas Ninja. Cuando las Tortugas están distraídos al notarlo, Batman planea descendiendo con su capa hasta cerca de ellos.
- Michelangelo: Lo adivinare. A lo mejor es su coche.
- Raphael: Pingüino habló de un "murciélago". ¿Será este el que trabaja con Shredder?
- Leonardo: Puede ser. Esperad a mi señal...
- Raphael: No, yo me encargo.
Raphael inicia de repente su ataque contra Batman. Raphael es derribado sobre su caparazón por Batman después intercambiar varios golpes y entonces es empujado por Batman con fuerte patada que lo envía chocando contra un Michelangelo desprevenido.
- Leonardo: Tumbadlo, necesitamos respuestas.
- Batman: Os invito a intentarlo.
Donatello y Leonardo inician juntos su ataque contra Batman. Batman consigue derribar a Donatello con un artilugio explosivo. Batman continua luchando contra Leonardo y aprovecha una distracción para adherirle un arnés automático.
- Leonardo: ¿Pero qué...?
El arnés se dispara y al clavarse arrastra lejos a Leonardo haciéndolo chocar con el Donatello derribado. Michelangelo se lanza al ataque.
- Michelangelo: ¡Nunchaku a la cara!
Batman bloquea su ataque.
- Michelangelo: ¡No, a tú cara!
Batman continua bloqueando sus ataques y golpea el pie de Michelangelo con su puño.
- Michelangelo: ¡AU! ¡Mi pie!
Batman agarra a Michelangelo desde su mandíbula abierta mientras gritaba. La escena muestra a continuación el interior de una pizzeria cercana.
- Cliente A: Deberíamos quedar con otras personas.
- Cliente B: Es que no me gusta nadie. (sollozo)
Michelangelo irrumpe violentamente en el interior de este establecimiento al ser lanzado por Batman. Todos los clientes y empleados lo miran sorprendidos.
- Michelangelo: ¡Huid todos! ¡Hay un pirado vestido de murciélago que nos quiere matar!
- Cliente B: ¡Ah, vámonos!
Todos los clientes y empleados empiezan a huir asustados por "su" apariencia, pero Michelangelo parece no entenderlo así.
- Michelangelo: A que sí, ¿no?
- Cliente C: ¡Fuera! ¡Fuera! ¡Vámonos!
- Michelangelo: Da mucho miedo.
- Cliente C: ¡Eh, corred!
- Cliente B: ¡No vuelvo a este sitio!
Michelangelo toma disimuladamente una porción de pizza y empieza a devorarla, cuando de repente una cuerda metálica enlaza su mano derecha y su cabeza, haciendo que estrelle la pizza contra su cara violentamente.
- Michelangelo: Au, mierda.
Batman tira de la cuerda y arrastra de golpe a Michelangelo fuera de la pizzeria, haciendo que se golpee contra Donatello, derribandolo nuevamente. Leonardo continua luchando contra Batman. Donatello: Se agradece tu presencia. (sarcasmo) Michelangelo termina de comerse los restos de la pizza que quedaron embarrados en su mano.
- Michelangelo: Estaba protegiendo a los ciudadanos, tío. ¡Los ciudadanos!
Raphael sigue luchando contra Batman y en un momento recibe un golpe en el abdomen, cuando también le quita uno sus sais.
- Raphael: ¡Va ha hacer falta más que un capullo vestido de murciélago para vencerme!
- Batman: Muy bien. Taser nivel siete.
El Batmobile responde al comando de voz de Batman y dispara dos cables de electrochoque contra Raphael que lo dejan fuera de combate con sus descargas.
- Michelangelo: Soy muy rápido.
Michelangelo se lanza contra Batman para atacarlo por la espalda. Batman reacciona y lo derriba con una maniobra.
- Michelangelo: Él mucho más.
- Leonardo: Seas quien seas, será mejor que te apartes de mis hermanos.
Leonardo arremete contra Batman. Batman usa los sais de Rapahel para repeler los golpes de las katanas de Leonardo. Batman utiliza algunas bombas cegadoras contra Leonardo y después consigue derribarlo junto con el resto de sus hermanos.
- Dontello: Se acabó. Declaro que toca. ¡Desaparición ninja!
Dontello usa una bomba de humo para cubrir su retirada. Después de que se marcharan, Batman observa uno de los sais de Raphael que conservó en sus manos.
- Batman: ¿Tortugas... ninja?